На это есть несколько возможных причин. Попробуйте сделать следующее:

1. Установите «родной» драйвер мыши. Обычно все мыши комплектуются дискеткой с драйвером. Если дискетки нет — сходите на сайт производителя мыши.
2. На сайте Microsoft можно скачать программу Microsoft IntelliPoint. Экспериментально установлено, что она работает не только с майкрософтскими мышами. Принцип ее работы — посылка окну, находящемуся под курсором, сообщения о перемещении бегунка вертикальной или горизонтальной полосы прокрутки. Также она дает возможность определить действия, совершаемые при нажатии каждой из кнопок мыши.
3. Еще можно попробовать установить Add-In MouseWheel.
4. Я также обнаружил, что окно кода перестает реагировать на колесо мыши, если в среде VB загружен аддин API AutoList.